X档案：征服未来 详细剧情

该片开始于远古的美国北德克萨斯州（以下简称德州）。公元前35,000年的某天，一名猎人正要往山洞里走去，却被一只体型巨大的外星生物绊倒。战斗一触即发，猎人杀死了外星生物赢得胜利，但他也被一种黑色油状的物质感染了。1998年的一天，在相同的地点，住在那里的小男孩史蒂夫掉进了附近的一个洞里，并在里面发现了一个人类头骨。当他拿起头骨时，一种黑色的液体渗入他的身体，侵入大脑，弄瞎了他的眼睛。为了营救史蒂夫，有四个消防员下去洞里后失踪，一队穿着生化防护服的人马上赶到了现场。

与此同时，由于“X档案”调查被终止，联邦调查局（FBI）特别探员福克斯·穆德与丹娜·史卡莉被分配了其他任务。他们正在协助调查针对达拉斯政府大楼的炸弹恐吓事件，穆德在检查目标对面的大楼过程中，发现炸弹藏在自动收货机里。队长达瑞斯·米萧安排穆德和斯卡利疏散大楼内的人员，自己留在现场解除炸弹。但探员们不知道的是，米萧没有排除炸弹，反而任由炸弹爆炸。

返回华盛顿后，穆德和史卡莉受到了严厉的批评，因为爆炸时除了米萧，还有四个人没能撤离大楼。听证会正等着他们，要对他们的工作表现分别进行评估。当晚，穆德遇见了一个有些偏执的妇产科医生艾文·寇兹威，他认为那四个受害者之前就已经死去，炸弹的引爆是阴谋，目的是为了毁灭谋杀的证据。而史卡莉在医院停尸房取证时，从一具受害者尸体上检测到了一种外星病毒。

同一时间，穆德和史卡莉的敌人癌人前往德州的事发现场。在实验室，班·布朗史威格博士给他看了其中一名消防员的尸体，其体内有一只外星生物。癌人命令他给外星生物打一种疫苗，没用的话就把尸体烧了。然而，外星生物从尸体内钻了出来，杀了布朗史威格博士。

穆德和史卡莉也到德州的事发现场走了一趟，但晚了一步，所有人员、甚至实验室都已在数小时前撤走。两人在追赶途中看见一列奇怪的火车，后面牵引着油罐卡车。他们跟踪火车到达一片广阔的玉米地，发现玉米地边缘有着两个发光的圆顶屋，进去却空无一物。突然，壁炉里的格栅打开，地面出现一条地下通道，一群蜜蜂从里面涌出来，直将他们追进了玉米地。几架黑色的直升飞机也冒出来追杀他们，但他们成功逃脱并返回了华盛顿。

回到华盛顿，穆德试图请求寇兹威的帮助未果，史卡莉出席听证会后又得知她将被调职到犹他州的盐湖城，分离令穆德十分悲伤。两人拥抱着互诉离愁，就在要接吻时，一只藏在史卡莉衣领下的蜜蜂突然蛰了她一下，史卡莉迅速失去了意识。穆德呼叫了医护人员，但救护车到的时候，司机却对着穆德的头开枪，并掳走了史卡莉。

在医院醒来时，医生告诉穆德，他被孤枪侠救了一命，子弹只是擦伤了太阳穴。之后他约见了以前的对手光鲜人，对方坦承自己奉命来杀穆德和寇兹威，但没有动手。穆德询问寇兹威的生死，光鲜人并未直接回答。光鲜人告诉穆德史卡莉人在南极，已经被病毒感染，但拿出一支疫苗交给他，要他用疫苗治好史卡莉。光鲜人随后在车辆爆炸中死去，以防隐瞒外星人存在的政府组织辛迪加发现他的背叛，因而迫害他的后代。

穆德前往南极营救史考莉，发现癌人在地下运作着一个秘密实验室。他用疫苗治好了史卡莉，破坏了实验室的实验环境，还治好了被囚禁的外星人。穆德和史卡莉逃出地面之时实验室正好毁灭，他们发现原来这是一艘在雪地里休眠的巨大外星船，而实验室只是它的一部分。飞船破开了成吨重的冰层和覆雪，直上天际。穆德看着飞船垂直向上渐渐消失，而史卡莉也恢复了意识。

过了几天，他们参加了听证会，但他们的证词都被忽略，证据也被掩盖。唯一留存的证据只有那只蛰了史卡莉的蜜蜂，恰被孤枪侠捡到。她将蜜蜂交给了他们，因为心里清楚FBI现在已经无法建立可靠的调查小组去求证手上的证据了。在突尼斯的另一个基地（同样有一大片玉米田和圆顶屋），癌人警告史庄侯，穆德仍然是一个威胁，并给他看一份电报，上面显示X档案调查已经被重新启动了。