截至下档日，《X档案：征服未来》在美国及加拿大地区共累积了约8,389万美元的票房，加上来自其他地区的1.052亿美元，全球票房共计1.891亿美元，不如预期。虽然如此，该片仍是1998年美国总票房第23高的电影，同时也登上PG-13级电影票房排行榜的第10位。

《X档案：征服未来》获得影评人褒贬不一的评价，不过整题而言偏向正面。烂蕃茄上收集的72篇专业影评文章中，有47篇给予该片“新鲜”的正面评价，“新鲜度”为65%，平均得分6.1分（满分10分），该网站对电影的共识性评价写道“该片对于新人来说可能会难以理解，但是对于电视剧的粉丝来说却是一次不错的观影享受”，而基于另一影评汇总网站Metacritic上的23篇评论文章，其中11篇予以好评，无差评，12篇褒贬不一，平均分为60（满分100），代表“正负评平均参杂”