第一部（1卷～27卷）

十多年前一只拥有巨大破坏力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影波风水门拼尽全力，以自己和旋涡玖辛奈的生命为代价将一半九尾妖狐查克拉封印在了刚出生的鸣人身上和自己身上。木叶村终于回复了平静，但村民们却把鸣人当成“九尾妖狐”那样的怪物看待，近乎所有人都疏远他，不愿与他接触。 鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，年少的鸣人进入了木叶村的忍者学校，并结识了好友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还小的时候，他的哥哥——宇智波鼬，将除了佐助以外的族人通通赶尽杀绝，然后成为叛忍离开了木叶忍者村。自从那时佐助就发誓要杀掉哥哥，为家族报仇，而走上了复仇之路。 鸣人他们在忍者学校得到了卡卡西老师的精心指点，在他的帮助下，去迎接成长之中一次又一次的挑战!!!

第二部（28卷～72卷）

前部分主要描述晓组织，后半部分开始透露出晓组织头目宇智波斑的真正阴谋，从而引发第四次忍界大战，最后以鸣人与佐助为主的忍者联军付出巨大代价后，成功的打败宇智波斑，封印了忍界创世之祖大筒木辉夜，以终极之战画上句点。 然而宇智波带土也从中牺牲了自己，成为了第四次忍界大战的英雄......